水稻(Oryza sativa L.)是世界上最重要的粮食作物之一。20世纪80年代以来,随着高产、矮秆、多蘖水稻品种的推广以及种植密度和施氮量的增加,有些水稻真菌病害的危害程度呈逐年加重态势,对我国水稻生产造成了严重的经济损失[1]。稻巨座壳菌(Magnaporthe oryzae(Hebert)Barr,无性态为稻梨孢Pyricularia oryzae Cav.)、瓜亡革菌(Thanatephorus cucumeris(Frank)Donk,无性态为立枯丝核菌Rhizoctonia solani Kühn)和稻麦角菌(Claviceps virens Sakurai,无性态为稻绿核菌Ustilaginoidea oryzae(Patou.)Bref.)分别是引起稻瘟病、纹枯病和稻曲病的病原真菌(Mentlak et al,2012;Guleria et al,2007;Chen et al,2014)。在这三种病害中,纹枯病和稻瘟病是水稻三大病害中的两个,而稻曲病是近年来发生和为害日益严重的病害(Chen et al,2014)。遗传多样性研究,是了解病原真菌演变规律,准确预测病原真菌所致病害发生和流行趋势,从而采取相应防治措施的重要基础。本论文首先简要介绍了真菌遗传多样性研究的意义,然后对近10年来水稻纹枯病、稻瘟病和稻曲病这三种重要水稻真菌病害的病原真菌遗传多样性的国内外研究进展进行了较详细的综述,旨在对这三种病原真菌的遗传多样性研究有一个较全面的了解和认识,从而对这些水稻真菌病害新型防治策略的制定起到积极的作用,最后对该领域未来的研究方向作了展望。