在马铃薯病毒病的防控中,健康种薯起着至关重要的作用。由于各地种薯病毒类型不同,加强种薯的原产地检疫就显得尤为重要。为明确侵染广西冬种马铃薯的所有病毒及其优势种,正确指导广西马铃薯病毒病防控,2012年在马铃薯主要产区采集具有明显病毒病症状的样品,在血清学ELISA检测的基础上,进一步用小RNA深度测序对按症状分类的样品进行混合样本的病毒种类鉴定,再用RT-PCR方法对分组混合样本进行验证。结果表明,在109个样本中检测到马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)、马铃薯A病毒(Potato virus A,PVA)、马铃薯H病毒(Potato virus H,PVH)、马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)、马铃薯S病毒(Potato virusS,PVS)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)和马铃薯纺锤块茎类病毒(Potato spindle tuber viroid,PSTVd),其中以PVY感染率最高、分布最广,而PVH、PVM和PSTVd是广西马铃薯病毒病的新病原。进一步的分析发现侵染广马铃薯的PVS有丰富的株系分化。本研究较完整地给出了目前广西冬种马铃薯病毒的名录,为种薯病毒检验和防控提供了依据。例如,除了之前常见的病毒外,还要将PVH、PVM和类病毒PSTVd这三种此前在广西还未发现过的病毒和类病毒加入到检测目录中。同时,在抗病毒马铃薯育种中,也应将这些病毒作为目标。此外,本研究对PVS丰富的遗传多样性的发现,也有助于重新认识PVS与寄主植物的共进化。