【摘 要】
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背景 在包括病原微生物检测、遗传性疾病诊断、食物安全监测等诸多领域对多重检测都有着迫切的需求。多重PCR技术以其特异、灵敏、快速等优点在多重检测方面已有广泛的应用并表现出巨大的潜力。然而,由于引物对之间的干扰和竞争,传统的多重PCR方法难以均衡、高效地进行多个目的核酸片段的同步扩增,特别是对10重以上的多重扩增几乎束手无策。方法 为了消除引物对之间的干扰和竞争,从而实现高效、通用的多重PCR,我们
【机 构】
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上海交通大学系统生物医学研究院,系统生物医学教育部重点实验室,上海市 200030;上海交通大学癌基因及相关基因国家重点实验室,上海市 200030
【出 处】
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中国工程科技论坛第115场——临床分子诊断暨第二届中国分子诊断技术大会
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背景 在包括病原微生物检测、遗传性疾病诊断、食物安全监测等诸多领域对多重检测都有着迫切的需求。多重PCR技术以其特异、灵敏、快速等优点在多重检测方面已有广泛的应用并表现出巨大的潜力。然而,由于引物对之间的干扰和竞争,传统的多重PCR方法难以均衡、高效地进行多个目的核酸片段的同步扩增,特别是对10重以上的多重扩增几乎束手无策。方法 为了消除引物对之间的干扰和竞争,从而实现高效、通用的多重PCR,我们基于具有亲/疏水间隔结构的微孑孔阵列芯片并且结合DNA微阵列作为检测手段,建立了一套通用多重PCR扩增及后续检测策略(图1),并在此基础上,设计实验对该方法的特性进行了系统的研究。结果 首先使用该方法进行1 1重PCR扩增及检测,实验结果显示:无论是单个目的片段(图2c)还是多个目的片段的组合(图2d),均能被特异而高效地扩增并检测;其检测极限在5 copies/well,甚至是单拷贝(图2e);同时,RNA模板尤其是DNA/RNA混合物模板均能通过一步法多重反转录PCR实施有效扩增并检测(图2 f)。这充分说明该方法具有很高的特异性、灵敏度及灵活性。其次,我们进行了116重PCR,以研究其高通量多重扩增的能力。在116个单个目的片段扩增及检测的反应中,115个得到了明亮的阳性信号。在所有模板均存在的116重PCR中,只有3个未检测到阳性信号。以上结果说明该方法能够实施100重以上的多重检测。最后,我们使用该方法进行了初步的临床应用,对杜氏肌营养不良症(DMD)患者的临床样本进行了外显予缺失检测,结果与临床记录儿乎完全一致。意义 我们建立了一种通用的多重PCR扩增及检测策略,解决了传统的多重PCR的瓶颈问题,即引物对之间的干扰和竞争,人大提升了多重PCR的实际应用能力。该方法是一种基于多重核酸检测的分子诊断技术,随着进一步的完善,势必将在临床诊断及其他领域发挥巨大的作用,同时推动转化医学的发展。
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