HPPK是一种重要的激酶和潜在的抗生素靶点,其作用是催化细菌体内重要生命物质叶酸合成的第一步反应。在HPPK的催化过程中,HPPK先结合MgATP,再结合HP,然后催化反应才能发生；其中MgATP的结合位点位于loop 3下,而HP的结合位点位于loop 2下：loop 3与loop 2的开闭分别意味着MgATP与HP结合位点的开闭[1],并且即使在晶体结构中,这两个loop也具有较强的柔性[2]。本文运用分子动力学模拟研究HPPK不结合任何配体时(apo-HPPK)的构象变化：从apo-HPPK的X-ray结构出发,分别在常温下(300 K)以及较高温度下(350 K)进行1000 ns的分子动力学模拟。模拟结果表明,在其它区域构象变化都很小的情况下,不管在300 K还是在350 K,loop 2以及loop 3区都在全开、半开以及关闭等构象间相互转换,350 K只是加快了转换速度,出现的中间构象较多。而loop 3的开闭意味着MgATP结合位点的开闭。所以,我们的研究揭示出HPPK 结合MgATP 的机理：它很可能遵循的是构象选择(conformational selection)机制,而不是通常认为的构象诱导(induced fit)机制。