冬瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

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加强现有冬瓜(Benincasa hispida Cogn.)种质资源的保护和评价,明确资源间的亲缘关系,对于冬瓜生物多样性保护、种质资源创新、杂交育种及基因挖掘都具有重要意义。供试的111份冬瓜种质资源来源于中国(广东、广西、云南、四川、湖南、江西、江苏、上海、福建、台湾等地)、越南、马来西亚、泰国、新西兰、日本等国以及课题组通过辐射诱变、EMS诱变等方法获得的创新材料。取苗期幼嫩叶片,采用改良CTAB法提取冬瓜基因组DNA。选取6份不同地理来源且表型差异显著的冬瓜种质对419对基因组SSR引物进行多态性筛选。利用DPS V16.05软件,采用Jaccard相似系数进行种质间的UPGMA(非加权组平均法)聚类分析。使用POPGENE1.31软件计算有效等位基因数(N_e),Nei’s遗传多样性指数(H_e),shannon’s信息指数(I)。在419对基因组SSR引物中,有131对具有多态性,多态性比率31.3%。从中选择19对扩增稳定、带型易辨认的引物用于遗传多样性分析,共扩增出182条条带,多态性条带169条,多态率92.86%,每对引物平均扩增条带9.6条。ll 1份冬瓜种质平均有效等位基因数(N_e)为1.3932,平均Nei’s遗传多样性指数(H_e)为0.2601,平均shannon’s信息指数(I)为0.4187。不同位点的遗传多样性程度差异较大,N_e的最大和最小值为别为1.9533和1.0862,H_e的最大值为0.4880,最小值仅为0.0794,I值最大为0.6811,最小为0.1724,表明供试的111份材料间存在着较为丰富的遗传多样性。基于Jaccard相似系数的UPGMA聚类分析结果表明,11 1份资源的遗传距离介于0.0769~0.7801之间,平均遗传距离为0.3687,在遗传距离为0.70的位置可将全部种质分为6个类群。第Ⅰ类群仅有来源于马来西亚的1份材料,为中等果型的粉皮冬瓜,种子类型为有棱扁籽;第Ⅱ类群包括23份种质,来源于云南、广西、泰国、新西兰、日本以及EMS诱变的创新材料,该类群种质以小果型、有棱扁籽种型为主;第Ⅲ类群有5份种质,来自广东、湖南,为中、小果型冬瓜,种型兼具有棱扁籽和无棱光籽两种类型。第Ⅳ类群是种质最多的一大类群,有54份材料,其中包含了全部17份供试节瓜材料的76%(13份),该类群除一份资源来源于越南外,其余均来源于中国的云南、广西、广东、海南、福建、江苏、上海、台湾等地,这一类群以小果型、粉皮、有棱扁籽种型为主;第Ⅴ类群包含25份种质资源,主要来源于广东,该类群材料以大型黑皮冬瓜为主,种型多为无棱光籽;第Ⅵ类群有3份种质,均为来源于广东的小型粉皮冬瓜,种型为有棱扁籽。供试的111份冬瓜种质资源整体表现出较高的遗传多样性,种质材料未能按照地理来源划分,但相同果型的种质亲缘关系较近。
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