【摘 要】
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立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)是水稻纹枯病的重要致病菌.本研究运用Illumina Hiseq 平台对立枯丝核菌高毒力菌株D23和低毒力菌株D12进行全基因组重测序,通过生物信息手段,分析不同个体基因组间的结构差异.我们总共获得大约1600万对数值,插入片段为500bp,读取长度为70至80bp,包括插入、缺失、单核苷酸突变和SNP位点在基因组中的特异分布.Effector基因
【机 构】
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四川农业大学水稻研究所/杂交水稻国家重点实验室 成都611130
【出 处】
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中国植物病理学会第十一届青年学术研讨会
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立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)是水稻纹枯病的重要致病菌.本研究运用Illumina Hiseq 平台对立枯丝核菌高毒力菌株D23和低毒力菌株D12进行全基因组重测序,通过生物信息手段,分析不同个体基因组间的结构差异.我们总共获得大约1600万对数值,插入片段为500bp,读取长度为70至80bp,包括插入、缺失、单核苷酸突变和SNP位点在基因组中的特异分布.Effector基因在高中低毒的三个菌株中的原核表达显示,效应因子对水稻的免疫程度与效应因子SNP位点差异呈正相关,并通过分子功能互补验证.从D23和D12菌株重测序组装序列里随机各挑选8个含有SNPs的基因进行基因克隆、连接、转化、阳性重组子的鉴定和测序.Sanger测序结果表明：组装序列准确率达到97％以上,预潮的SNP位点具有较高可靠性.另一方面,我们采用GC/MS仪器对3组立枯丝核菌样本(高中低毒力菌株)进行代谢组学仪器检测和数据分析.PCA分析各组都分在不同区域,说明当前的代谢组学方法是可靠的.采用PCA、PLS-DA和OPLS-DA等多维统计分析方法对各组进行两两对比分析也表明各组之间具有显著的代谢差异.进一步采用OPLS-DA和t检验相结合的方法筛选到两组之间的差异性代谢物.其中缬氨酸、苏氨酸、天冬氨酸等代谢物随菌株毒力增加而上调.
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