大肠杆菌中的D-3-磷酸甘油酸脱氢酶(PGDH)催化丝氨酸合成第一步[1],并能被丝氨酸所别构调控[2].在此前的研究工作中,我们发展了二态Gō模型结合微扰的方法从理论上预先对蛋白的别构位点进行预测[3].对大肠杆菌中的PGDH,我们总共预测到了两个潜在的别构位点,一个位于活性位点附近(位点Ⅰ),一个位于别构位点附近(位点Ⅱ).在本次研究工作中[4],通过虚拟筛选结合实验验证的方法,我们发现了结合在位点I的别构激活剂和抑制剂.化合物1和2呈现出低浓度激活高浓度抑制的现象,体外酶活测定化合物1和2的IC50值分别为34.8和58.0 μM,化合物2的AC50值为34.7 nM.竞争实验表明化合物1和2不与丝氨酸和底物结合位点相互作用,动力学研究表明化合物1和2是通过影响动力学参数Km,kcat和kcat/Km来影响酶活的.所发现的新型PGDH别构分子可用于大肠杆菌以及人体中的氨基酸合成途径调控.该方法所发现的别构位点为药物设计、代谢网络调控等研究提供了新的可能.