作为《卡塔赫纳生物安全议定书》的缔约方,马来西亚和菲律宾在在发展国际条约和标准的政府间谈判当中非常活跃.同时,两国也在国家层面上建立了生物安全法律框架,进行生物安全能力建设,并且建立公众咨询和参与机制. 马来西亚经验说明了政府在平衡生物技术和生物安全国家政策的努力。其生物安全法2007的制定过程持续了很多年，除了国内咨询和争论外，这个过程还受到了外部行业要求马来西亚拥有一部较弱的生物安全法的压力。该法律实施的挑战是风险评价(包括多学科和整体专业知识的需求和风险评价准则的制定)的能力建设、决策中社会经济方面的发展以及在涉及具体转基因生物决策中不能达成共识时的处理程序。2010年12月，转基因蚊子的实验性释放就是公众争论的议题，并提出缺乏风险评价和管理经验的根本性问题。 菲律宾经验则将重点放在了增加民间社会团体和立法机构在地方和国家层面的合作。例如，省级政府合作导致了2010年6月内格罗斯省转基因条例的颁布与实施，以及有机农业条例和无转基因省级条例的颁布。民间组织在菲律宾省级和国家级进程中的积极参与也提供了如何实现《卡塔赫纳生物安全议定书》实施下的公众参与的例证。