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微生物导致食品腐败变质、微生物毒素(致病菌、寄生虫)及传染病流行(肝炎病毒)引起的食源性疾病是我国食品安全的头号问题。在我国的食品卫生管理中，微生物指标分为菌落总数(细菌总数)、大肠菌群、霉菌、酵母菌与致病菌。造成食源性疾病，可表现为轻度不适应慢性疾病甚至有生命危险。致病菌是食品安全的杀手，在我国的食品卫生标准中规定为“不得检出”。
本文从致病微生物污染、菌落总数超标、菌落总数不可控因素等多方面，分析了微生物对食品的危害，并提出了对食品进行安全性评价的建议，以保证食品安全。