交联质谱技术将质谱技术与交联技术相结合,为研究蛋白质的三维结构与蛋白质间的相互作用提供了新的技术手段。本课题组在已有工作的基础上研发了应用于化学交联技术的二肽交联鉴定软件系统p Link[1],并于2012年发表在Nature Methods期刊上。p Link软件针对高精度数据,深入挖掘交联质谱谱图离子特征,设计实现了整套高效的算法,包括开放式搜索策略、多种打分设计、E-value的计算、假发现率控制,是目前交联鉴定搜索引擎中的佼佼者。在应用范围上,根据交联试剂的不同,交联质谱鉴定可以适用于不同的研究方向,比如对生物体内真实环境的二硫键交联蛋白质的研究。截至2015年7月30日,p Link[1]共有注册下载用户448名,其中国内143,国外305。用户利用pL ink软件在Nature等期刊上发表了一系列重要文章[2-6]。经过两年的发展,本课题组利用一种高效的索引技术和基于半监督学习的多特征重打分方法,改进了原交联蛋白鉴定软件p Link,成功地加速了交联二肽的鉴定过程,并提升了鉴定的精度。新版p Link在交联质谱技术的各个环节上进行了优化,克服了过去的交联鉴定软件存在的一些缺点。一方面,针对大数据库在交联情况下组合爆炸的问题,采用多种索引结构,逐层鉴定两条肽段,大大缩小了候选肽的规模,在保证精度的同时极大地提高了鉴定速度,多个数据集测试后都有至少10倍以上的加速。另一方面,设计了基于线性支持向量机的多特征机器学习打分系统,并采用分开过滤策略,提高了交联谱图鉴定率。