以合成的多肽为模型，研究了马来酸酐对赖氨酸侧链氨基和多肽N端氨基的衍生化反应。借助于MALDI-TOF质谱的表征和评价，优化了反应溶液、反应时间、反应物比例等实验条件。进而，将该方法应用于蛋白溶菌酶及Hela全细胞裂解液蛋白质组的定量分析，结果表明这一标记方法具有标记效率高、定量准确的特点。另外，在一次标记的基础上，探究了二次标记的可能性。分别采用了半胱氨酸、巯基乙醇、丙硫醇等巯基试剂和马来酸酐衍生产物上的不饱和双键进行“点击反应”，实现了蛋白质和多肽的二次标记，并最终应用于Hela全细胞裂解液蛋白质组的定量分析。通过对标记前后多肽在液相的保留时间进行比较，发现马来酸酐标记后增加了多肽的疏水性，有利于较短多肽的分析与鉴定，从而提高了蛋白质鉴定的序列覆盖率和准确性。