区域创新系统是指透过各行为主体间社会网络与镶嵌关系的强化，通过空间上的邻近性，增强聚集经济效益，并藉由相互学习，促进知识的生产与累增。本文目的是从区域创新的观点探讨加工出口区的未来发展，分析的资料是根据加工出口区统计年报及各园区统计，方法上主要采质性调查，共访问了三位加工出口区的官员、一位资策会的研究员以及清盛、威盛、华泰、长华、住矿及日月光等六家加工区的厂商，合计共十位受访者，获取珍贵的一手资料。研究成果显示：加工出口区近50年来堪称是台湾进化的经济地理场域，它发挥了非常重要的典范作用，藉由因应内外环境变化，适时适地做最佳化政策安排，是加工区发展成功的关键。调查发现加工区区域创新系统运作成功得力于三大要素：其一为群聚效应，楠梓加工区以日月光、华泰为中心的聚集效应显著，小厂赖大厂外释成熟技术生存，大厂间竞争刺激技术与制程不断创新，小厂围绕其间，客户深具信任感。厂商与南区各大学及高职合作，知识外溢效果显著。其次是路径依赖，厂商对楠梓加工区颇为依赖，第二园区以日月光为最大投资者，经济活动活络度仍与在地社会网络密切联系在地镶嵌至为重要。其三为制度厚实管理处已转为服务性角色，与厂商互动佳，正式制度(投资利基与租税环境)及非正式制度(官方与民间企业互补性)二者仍深刻影响着加工区厂商的营运成败。综言之，建构良好的区域政策环境，加工出口区管理处的制度支持与路径诱导仍甚为必要，而厂商彼此间的交互式学习依赖路径也提供了重要生存保障，包括品牌刺激、人才流通以及与新竹科学园区的交流等。最后建立完备的区域文化环境，提供高技术与知识创新的接触空间，引进绿色产业，建置专人专线服务机制及产业创新服务团、创立园区CEO俱乐部等，也都是加工区营运成功的重要策略方向。