地黄(Rehmannia glutinosa Libosch.)是中国著名的"四大怀药"之一，为传统大宗地道中药材，具有十分重要的药用价值.但连作障碍严重影响地黄的生产与质量，是地黄生产中亟待解决的关键问题.本研究基于优化的土壤蛋白质提取方法，建立了土壤差异宏蛋白质组学技术，并用于比较分析正茬、重茬地黄根际土以及对照土之间的土壤蛋白质表达量差异，以期为消减地黄连作障碍提供一定的理论依据.结果表明，本研究建立的土壤蛋白质提取方法效率高，蛋白质较纯，适合进行双向电泳分析，平均每张图谱含有约800个蛋白质点.不同样品之间的2D图谱，其蛋白质点分布情况较为一致，但是部分蛋白质表达量存在差异.本研究随机挑选重复性好、分辨率高的152个蛋白质点进行MALDI TOF-TOF MS鉴定，其中103个蛋白质得到成功鉴定.蛋白质功能分析发现，它们主要参与蛋白质、核酸、次级代谢，信号传导以及胁迫响应，在土壤营养循环和能量流动中发挥重要作用.差异宏蛋白质组学分析发现，随着连作年限的增加，共有33个蛋白质点表达量发生变化，它们来源于植物与微生物.绝大部分涉及碳、氮代谢以及胁迫响应相关的植物蛋白质，在重茬地黄根际土壤中发生上调表达，但涉及植物解毒作用的蛋白质(如谷胱甘肽-S-转移酶)却发生下调表达，同时发现涉及苯丙烷代谢途径的苯丙氨酸解氨酶在重茬中发生上调表达，这与随着连作年限的增加，土壤酚酸总含量上升的结果一致.大部分涉及蛋白质代谢、细胞壁合成的微生物蛋白质得到上调表达，而涉及二萜化合物合成的蛋白质(如牻牛儿牻牛儿基焦磷酸合成酶)发生了下调表达.由此可见，随着连作年限的增加，来源于植物与微生物的土壤蛋白质都发生了差异表达，涉及碳、氮代谢的植物源蛋白质差异表达可能与植物分泌活动有关，根系分泌物介导的土壤微生态失衡反过来可能导致土壤营养循环受阻，从而抑制植物营养吸收.可见，在土壤蛋白质水平上揭示土壤-植物-微生物生态系统的相互作用对探讨地黄连作障碍的机制具有重要意义.