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用分子生物学方法来研究微生物的多样性，有助于人类更深入研究和认识自然界微生物群落组成的多样性。现在普遍认为，用传统的微生物分离培养方法来研究环境样品中微生物群落的多样性是远远不够的，因为许多微生物物种用当前传统的方法不能进行分离培养。16SrRNA基因的克隆和测序可以为描述复杂的微生物群落组成、揭示某些微生物培养所需的营养条件以及系统分类关系提供重要的信息，并为确定微生物的培养条件提供重要的实验数据，为目标微生物创造更为合适的生长环境。
目前国内外学者对海绵-细菌间的生物学关系充满着浓厚的兴趣。Pachychalina sp.是一种在南海海域中较常见的海绵，本研究的主要目的是调查海绵Pachychalina sp.体内总体细菌群落组成，建立真细菌和古细菌16S rDNA的系统发育树，获得不依赖细菌人工分离培养方法的海绵细菌群落组成的多样性。