基于实时荧光定量PCR对刺参内参基因稳定性的分析

来源 :“全球变化下的海洋与湖沼生态安全”学术交流会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liuxiaotiancxks
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  运用荧光定量PCR研究基因表达时,需要内参基因对实验过程进行校正,因此选择合适的内参基因对于得出准确的实验结果具有重要的意义。本研究中共选用了cytb(细胞色素b),Actin(肌动蛋白),GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶),TB1(微管蛋白α亚基),RPL17(核糖体蛋白L17)5个候选内参基因,设计特异性引物,通过实时荧光定量PCR,利用 geNorm,NormFinder及BestKeeper软件对5种内参基因在刺参不同发育阶段、肠再生阶段及不同组织中的表达稳定性进行分析,为刺参基因差异表达研究提供可靠的内参基因,确保刺参基因表达分析结果的可靠性。通过荧光定量PCR得到各基因在各样品中的Ct值,然后通过对原始Ct值的统计分析,以及利用三种内参筛选软件(geNorm,NormFinder和Bestkeeper)对Ct值进行进一步分析发现,在刺参不同组织中,,geNorm的分析结果显示候选内参基因的稳定性由高到低为:cytb,TB1,Actin,GAPDH,RPL17;NormFinder的分析结果显示候选内参基因的稳定性由高到低为:Actin,GAPDH,cytb,TB1,RPL17;Bestkeeper分析结果显示RPL17的稳定性最好。在刺参不同发育阶段中,geNorm的分析结果显示候选内参基因的稳定性由高到低为:Actin,GAPDH,RPL17,cytb,TB1;NormFinder的分析结果显示候选内参基因的稳定性由高到低为:Actin,cytb,GAPDH,TB1,RPL17;Bestkeeper分析结果显示cytb稳定性最好。在刺参肠再生阶段中,geNorm的分析结果显示候选内参基因的稳定性由高到低为:cytb,RPL17,TB1,Actin,GAPDH;NormFinder的分析结果显示候选内参基因的稳定性由高到低为:cytb,GAPDH,TB1,RPL17,Actin;Bestkeeper分析结果显示cytb的稳定性最好。因此,在刺参不同发育时期中,cytb和TB1为最稳定的内参基因组合;在肠再生时期中,RPL17和Actin的组合最稳定。总之,该研究为刺参不同发育时期,肠再生和不同组织中基因表达研究提供了比较理想的内参基因,也为其他条件下刺参的基因表达分析提供了参考。
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