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开发大量高信息量且高效率的分子标记，可以有效地查清水产动物的遗传背景，了解主要品种的遗传多样性和遗传结构；还可以构建高密度的水生动物遗传连锁图，为新品种的开发、育种效率的提高以及杂种优势预测提供科学的依据和指导意见。介绍了基于PCR技术的分子标记、基于杂交技术的分子标记和基于测序的分子标记，并对各种分子标记技术在鱼类遗传多样性分析、种质鉴定以及亲缘关系分析中的应用进行了综述。