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通过分段设计引物，应用RT-PCR方法分6段扩增出非高致病PRRSV08HuN变异株的全基因组，扩增后的产物分别克隆于pMD19-T Simple载体鉴定后测序，应用DNAStar软件按顺序将测序结果拼接得到该毒株全基因组cDNA序列。测序结果表明该毒株基因组全长15320 bp(不包括PolyA尾)，包含8个开放式阅读框，5UTR含有189nt，3端UTR含有150nt(不包括PolyA尾)。将08HuN株全基因组核苷酸序列与3个PRRSV高致病毒株HuN、HUN4、JXA1和4个PRRSV传统毒株BJ-4、CH-1a、ATCC VR-2332、LV全基因组序列进行同源性比较，基因组序列分析结果显示08HuN株全基因组核苷酸序列与HuN、HUN4、JXA1、BJ-4、CH-1a、ATCC VR-2332、LV同源性分别为98.9[％]、99.4[％]、99.3[％]、89.5[％]、95.1[％]、89.6[％]、61.8[％]。根据系统进化分析，08HuN株与高致病性PRRSV变异株HuN、HUN4、JXA1的同源性最高，与国内分离的PRRSV传统毒株和美洲型标准毒株同源性较高，而与欧洲型毒株LV同源性较低，表明我们所分离的08HuN株来源于美洲型毒株，且属于近几年国内新出现的变异株。
分析结果表明08HuN株的全基因组序列和各个ORF的序列与其它高致病性PRRSV毒株进行同源性的比较不能提供有关它们毒力强弱的差异的信息，但与其它3个高致病性PRRSV变异株进行比较发现08HuN基因组内有14处点突变和42处沉默突变，这些分析为揭示高致病PRRSV毒株的毒力提供了有用的信息。在分析沉默突变时，发现在08HuN株沉默突变中发现了同义密码子突变倾向于从高频密码子向低频密码子突变的现象，在国内外首次提出基因的沉默突变也可能成为PRRSV毒力发生变异的原因，丰富了有关PRRSV遗传变异的理论。