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为了对比不同品种肉苁蓉的成分差异，建立了肉苁蓉的HPLC指纹图谱，共7个共有峰被标定和指认。通过比较不同品种肉苁蓉的HPLC指纹图谱，发现肉苁蓉与2种正品肉苁蓉具有明显差异，所建立的HPLC指纹图谱分析方法可用于肉苁蓉与正品肉苁蓉的鉴别。进一步建立了肉苁蓉中10种苯乙醇苷类成分的含量测定方法，对3种肉苁蓉的成分含量进行了测定和聚类分析、主成分分析，聚类分析可将肉苁蓉与2种正品肉苁蓉区分开;主成分分析可将3种肉苁蓉完全分开，并提示echinacoside,acteoside和isoacteoside可作为肉苁蓉质量控制的指标成分。所建立的分析方法还可用于含肉苁蓉的制剂投料情况分析。