目的：随着下一代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS)的发展,RNA测序(RNA-seq)迅速成为测定研究RNA转录本和多样性的手段.大规模并行RNA-seq的使用给生物信息学领域研究带来了新的机遇和挑战.可变剪接是真核生物基因表达过程中的关键环节,是蛋白质多样性的主要来源,在生物的分化、发育及疾病的发生中扮演重要角色.识别可变剪接位点一直都是研究的重点.RNA-seq测序技术产生的海量数据为可变剪接的研究带来了新的思路和方法.RNA-seq高通量测序数据处理和分析的方法是从理论上预测可变剪接位点的关键,对后续的实验工作有一定的指导意义.本文扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础,尝试构建一套从原始数据处理、注释及拼接到可变剪接位点识别及其可视化的分析流程.方法：利用软件对RNA-seq原始数据进行质量控制；对原始数据进行修饰和建立索引；对原始序列进行比对；利用比对结果进行转录本的拼接；对拼接的转录本进行丰度统计；对转录本进行可变剪接表达分析；从分析结果中挑选最优结果进行可视化.结果：通过对大量公开数据库的RNA-seq原始数据进行分析测试,从众多分析软件和方法中筛选,从而构建了一整套从原始数据处理到结果的可视化的基于RNA-seq数据的可变剪接分析流程.展望及后续工作：建立一整套基于RNA-seq数据有效的可变剪接分析流程是可变剪接理论工作中至关重要的一步,它为后续实验验证工作的开展提供了方向,为构建可变剪接生物大分子相互作用网络奠定了基础.我们将对现有的分析软件进行比较,分析其优势与劣势；并时刻关注最新的文献,了解该领域最新进展,不断用新的研究方法来丰富分析流程体系.