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种质是甘蔗杂交育种的基础,甘蔗种质资源的遗传多样性分析,对亲本选择和杂交组合配置具有一定的指导作用,其中育成品种的遗传多样性分析,还可为品种多系布局提供参考依据。为此,本研究采用7个gSSR和8个EST-SSR荧光标记位点,借助毛细管电泳技术,对181份甘蔗种质的标记多态性进行检测,共扩增出206条条带,多态性条带为205条,扩增产物的多态性比率平均为99.39%;其中7个gSSR位点的PIC值分布在0.7876-0.9916之间,平均值为0.9444,而8个EST-SSR位点的PIC值则分布在0.7820-0.9917之间,平均值为0.9349。对以育种单位为单元的14个群体湛蔗(22)、CP(21)、桂糖(21)、粤糖(19)、崖城(16)、云蔗(14)、福农(10)、内江(9)、HoCP(8)、ROC(8)、柳城(6)、赣南(5)、闽糖(5)和其它(17)的分析显示,崖城系列的遗传多样性指数(h=0.2049)和香农信息指数(I=0.3163)均最高,其次是粤糖系列,h和I值分别为0.1978和0.3010;赣南系列(h=0.1519,I=0.2260)和ROC系列(h=0.1498,I=0.2316)最低。181份甘蔗种质的群体总遗传多样性(Ht)为0.2070,群体内遗传多样性(Hs)为0.1786。从遗传分化系数值(Gst=0.1371)可以看出,这些种质群体间的遗传分化小,且主要来自于群体内(86.29%),而从基因流值(Nm=3.148)来看,导致其群体结构变化的主要因素可能是人为选择。181份种质的遗传相似系数值分布在0.2222-0.9865之间,平均值为0.4739,表明这些种质的遗传多样性较为丰富。基于NJ聚类分析,可将181份种质分为7个类群,类别较多,这进一步说明了这些种质的遗传多样性较为丰富。主成分分析结果表明,181份甘蔗种质主要分为3个组分,分别为广东、广西-海南-福建和美国,这3个组分的贡献率分别为19.89%,35.36%和21.55%,也从另一个角度说明这些材料的遗传多样性比较丰富。研究结果为后续甘蔗杂交育种更好地利用这批甘蔗种质资源,以及指导这批种质中栽培品种的合理布局,提供了分子水平的依据。