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2006年6月至2007年10月从云南省十六地州随机采集的各种家禽、家猪的6033份样品，应用RT-PCR进行检测，选择具有代表性的阳性样品，克隆NA全基因并进行基因序列分析和推导氨基酸的糖基化位点分析。结果表明，云南省2006-2007 H9N2亚型禽流感病毒在全省16个地州均有流行，且检测的鸡、鸭、鹅和猪均有感染;分离的19个毒株中的13个鸡源和1个鹅源毒珠的NA全基因长1407bp,编码469个氨基酸，同源性为97-100％，是目前云南省流行的优势亚群;3个鸭源毒株、1个鹅源和1个猪源毒株NA基因长1398 bp，编码466个氨基酸，5个非鸡源毒株的NA基因的同源性为99％，构成云南目前流行的另一分支，推导氨基酸第62-64位3个氨基酸的缺失是与优势分支的特征性区别;两个分支间NA基因同源性为90％，与国内外其它毒株比较神经氨酸酶基因序列具有多态性。