小麦条锈病由担子菌亚门真菌引起，是中国为害最为严重的小麦病害之一。本研究的目的是分析甘肃核心越夏区及其周边省区之间的小麦条锈菌群体遗传关系，探索其分子变异规律，了解甘肃不同季节间小麦条锈菌群体遗传多样性的差异。对甘肃、宁夏、陕西和四川等地的324个分离物的基因组DNA进行了AFLP分析。结果显示，甘肃秋苗越冬前群体的遗传多样性为0.754，春季群体的遗传多样性略低于越冬群体为0.67.在甘肃越冬群体的5个亚群体中，甘谷县和通渭县、康乐县以及陇西县之间均能检测到相同的基因型。利用Genalex 6.2软件计算甘肃越冬群体和春季群体的遗传分化系数(φpt)为:φpt=0.012<0.25(P<0.05)，表明秋、春两季节对甘肃小麦条锈菌遗传结构没有显著影响。对甘肃-宁夏、甘肃-陕西和甘肃-四川3个组合分别进行分析，利用φpt值衡量3个组合群体间的遗传差异性。结果表明，甘肃-四川群体的φpt=0.08,甘肃-宁夏群体的φpt=0.201，甘肃-陕西群体的φpt=0.006(P<0.05),3个组合群体的φpt值均小于0.25，表明3个群体均处于低水平的遗传差异程度。AMOVA分析显示群体间遗传变异，甘肃-宁夏群体最大(20％)，甘肃-四川群体次之(8%)，甘肃-陕西群体最小(1%)。这一结果为进一步分析群体遗传结构的区域性差异提供了依据。