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小麦分子标记遗传连锁图谱的构建是进行QTL定位的前提。本研究利用科农9204×京411构建的包含188个家系的重组自交系(RIL)群体为试验材料,利用基因组SSR、EST-SSR、STS和DArT分子标记进行连锁图谱的构建。SSR、EST-SSR和STS标记在亲本间的多态性扩增比例分别为48.7%、27.5%和34.7%。随机选择均匀分布于21条染色体133对多态性SSR标记为锚定标记,利用MapMaker 3.0软件将其余多态性标记位点进行连锁分析和遗传作图,最终获得包含254个PCR标记、287个DArT标记和2个形态标记共计543个位点的分子标记遗传连锁图谱。图谱总长度为4818.3cM,覆盖小麦全基因组21条染色体,标记间平均距离为8.87 cM。21条染色体中,1B、3B和6B标记个数较多,分别有49个、49个和45个,4D、3B和4A标记个数较少,分别有2个、6个和7个;2D、4A和1A标记覆盖范围较长,分别为437.2 cM、305.3 cM和302.8 cM,4D、5A、5D标记覆盖范围较短,分别为35.2 cM、85.7 cM和93.9 cM;1B、6B和2B标记密度较高,标记间平均距离分别为3.31 cM、4.72 cM和5.90 cM,4D、5D和5A标记密度较低,标记间平均距离分别为17.60cM、15.65 cM和12.24cM。A、B、D三个基因组中,B基因组标记个数最多,图谱密度最高,D基因组标记个数最少,图谱密度最低。254个PCR标记和287个DArT标记中,分别有42个和7个染色体定位结果与以前报道结果不一致,其中59.5%的标记位点被定位在同一同源群或染色体基组的其他染色体上;18个DArT标记被首次染色体定位,分别被定位于1BS、1DS(3个标记)、2DS、3BS、3DS(4个标记)、4A(3个标记)、6AL、6DS(2个标记)和7D(2个标记)染色体。134(24.5%)个标记表现偏分离,其中52个标记在P<0.05水平偏分离,82个标记在P<0.01水平偏分离;58个偏分离位点偏向于科农9204,81个偏分离位点偏向于京411。在1AL、1BS、3BL、4AL、6A、6BL和7B染色体上存在10个偏分离位点聚焦区域,其中1BS区段wPt-2751-Xwmc402.2有37个偏分离位点,4AL区段wPt-7064-Xgwm160有14个偏分离位点,7B区段Xcfe100-wPt-9467有10个偏分离位点,这3个区段为偏分离热点区域。