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迄今，作为鱼类寄生虫的两大类群——粘孢子虫和车轮虫，由于其种类繁多，结构简单，形态相似性高，更由于许多种类形态相似或宿主亲缘关系相近，故仅仅基于形态学特征难于正确鉴别物种，致使许多种类的误判或亲缘关系推断的混乱。在此基础上，尽管基因分子标记的引入，可解决部分种类鉴定的疑难问题，但如果单独使用，也将重新制造新的问题和混乱。