鸭源新城疫弱毒分离株全基因组序列分析

来源 :第二届全国禽病分子生物技术青年学者论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sunmoon
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  从2002-2010年间分离自LBM的鸭源NDV弱毒株中选出15株代表株,进行全基因测序,其中Class Ⅰ毒株10株(基因2型和基因3b型各5株),Class Ⅱ基因Ⅰ型5株。测序结果表明,在两类病毒6个基因中P基因、HN基因和M基因比F、NP和L基因变异更大。其中P蛋白变异性最强,Class Ⅰ毒株和ClassⅡ毒株之间P蛋白的同源性63.5%-77.7%,Class Ⅱ基因Ⅰ型毒株与Class Ⅱ中其他基因型毒株相比P蛋白同源性在77%-92.4%,变异区域主要集中在P蛋白的N端。显然L蛋白是最保守的,Class Ⅰ毒株和ClassⅡ毒株L蛋白的同源性88.3%-92%;基因Ⅰ毒株与Class Ⅱ中其他基因型毒株相比L蛋白同源性在93.6%-97.2%。HN蛋白的长度变化较大,分离株中class Ⅱ基因Ⅰ型毒株的HN蛋白长度全部为616aa:Class Ⅰ毒株HN长度有五种:572、574、579、585、616aa。通过分离株全基因序列分析发现,本研究中弱毒分离株的基因序列和基因型具有时间和区域特点,与目前国内流行的基因Ⅶ型毒株亲缘关系较远,说明它们有独立的发生过程,可能主要由野生水禽和家鸭携带。
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