代谢组学是20世纪90年代中期继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的一门新兴学科,是系统生物学的重要组成部分.它是关于生物体系内源代谢物质种类、数量及其变化规律的科学,研究生物整体、系统或器官的内源性代谢物质及其所受内在或外在因素的影响.代谢组学在器官移植中的应用仍处于起步阶段，它为了解整个生物系统状态提供了独特的视角。 本文具体分析了代谢组学在肝脏、心脏、肾脏移植中的应用。代谢组学研究通过代谢组学分析方法检测肝内合成和利用的小且分子代谢物质，从而反映肝功能变化。心脏移植中当患者存在排斥反应时免疫相关的代谢产物会有非常明显的升高。在临床肾移植中，观察到代谢物改变型与早期肾移植功能障碍相关。通过分析可以看出在尿液、血浆及呼出气中已经有相当数量的代谢产物可以被鉴定出，并且这些代谢产物也能准确地为人们提供有关器官功能、损伤及排斥反应的信息。在不远的将来，会有更多的代谢物被鉴定出来，更多的特异轮廓图被发现，而这些成果将为人们监测移植物功能和排斥反应带来更直接的证据。