目的 马属动物寄生虫病是现代马业中最常见的一种慢性、隐蔽性疾病,患病动物往往无明显的临床症状,严重时表现为消瘦、贫血、腹泻,甚至是死亡.其中隐孢子虫和贾第虫是全球分布的人兽共患原虫病原,可感染多种动物,在世界范围内广泛流行.为了解我国部分地区驴肠道寄生虫感染及流行情况,本研究于2013年3月至2014年5月对养驴相对集中的山东省嘉祥县牲畜交易市场进行驴肠道寄生虫流行病学调查.方法 调查共采集驴粪便样品508份,采用卢戈氏碘液染色法和饱和蔗糖漂浮法进行检测,为解析驴源隐孢子虫的种系发育关系及群体遗传结构,本试验选用8个基因位点对保存的114份驴源隐孢子虫阳性样品进行多位点扩增,进行MLST分析.结果 检出寄生虫阳性粪样246份,总感染率为48.43％.共发现9种肠道寄生虫,分别为：球虫、贾第虫、隐孢子虫、圆线虫、蛔虫、绦虫、鞭虫、蛲虫、钩虫.其中以圆线虫感染率最高,为30.71％(156/508),其次是蛔虫,感染率为20.28％(103/508),球虫、贾第虫、隐孢子虫、绦虫、鞭虫、蛲虫、钩虫感染率分别为3.74％、0.39％)、5.91％、2.76％、0.59％、1.77％、0.20％.混合感染感染率为16.14％,其中以两种寄生虫混合感染为主.首先用GP60基因位点鉴定亚型,成功鉴定69个分离株,包括18个C.parvum(ⅡdA19G1)分离株,2个Horse genotype分离株和49个Donkey genotype(ⅫA16G1)分离株.经过筛选,共有14个隐孢子虫Donkey genotype样品在Chom3T、HSP70、ML2、MSC6-5、MSC6-7、RPGR全部有扩增结果,MLST法分析隐孢子虫Donkey genotype群体遗传结构.结果表明,14个隐孢子虫Donkey genotype分离株在上述6个基因位点分别形成2、1、3、4、4、3个亚型且形成7个MLST亚型,连锁不平衡性分析结果表明此次调查的隐孢子虫Donkey genotype为流行性群体结构,暗示驴隐孢子虫病在马属动物群体中的流行是不稳定地的,这可能与与传播动力、地理隔离和宿主特异性有关.结论 驴肠道寄生虫感染比较普遍,9种肠道寄生虫比较常见：圆线虫、蛔虫、绦虫、鞭虫、蛲虫、钩虫、球虫、贾第虫、隐孢子虫.其中以圆线虫感染率最高.驴肠道寄生虫与年龄、季节等因素关系密切.本次采样点为山东省嘉祥县牲畜交易市场,驴来源自新疆、内蒙古、宁夏、山西、陕西等地,因此,本次采样基本能够代表我国西北部地区驴寄生虫的流行情况.基因分型分析发现新的隐孢子虫亚型和亚家族,MLST分析驴隐孢子虫群体为流行性群体遗传结构.驴是少有的原产地品种,这也许是本驴隐孢子虫分离株为流行性群体结构的主要原因之一.为更好的阐明驴源隐孢子虫的起源和传播,需要运用高分辨率的基因分型工具对不同国家和地域的驴源隐孢子虫进行更多的群体遗传结构研究与种系发育分析.