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基因工程技术在阿维菌素研究中的应用大致分两个方面：一方面是对阿维菌素生物合成在基因水平上的研究，使人们已从基因结构和组织方面深入了解其生物合成机制，另一方面是基于上述研究基础，对其有目的的进行遗传操作，改造这类抗生素结构，产生新的抗生素。阿维菌素生物合成的关键性编码基因有三个支链酮酸脱氢酶（BCKDH）。这些基因已分别被克隆、测序和鉴定。通过改造这些基因中任何一种都可以提高阿维菌素的发酵单位和获得的些新的抗生素。利用基因技术构建阿维菌素工程可望大幅度提高生产水平，降低生产成本。