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目的：了解2008年引起广西手足口病的病原体型别及分布特征，为制定预防控制措施提供实验依据。方法：采集手足口病临床诊断病例的疱疹液、咽拭子、肛拭子、粪便等样本，应用RT-PCR方法检测EV、EV71和CoxA16病毒核酸。结果：共检测753例手足口病临床诊断病例1286份样本，422例(56.0％)检测到肠道病毒核酸，其中EV71阳性176例(41.7％)，CoxA16阳性36例(8.5％)，非EV71、CoxA16肠道病毒阳性210例(49.7％)。全区14个市送检的病例标本均检测到EV71，来宾市等5市EV71检出率大于50％，钦州市和百色市EV71检出率小于20％。25例(89.2％)重症死亡病例中检测到EV71病毒核酸。结论：手足口病在广西分布广，病原体组成复杂，引起广西2008年手足口病的主要病原体为EV71。应加强HFMD病原图谱监测，为手足口病防控提供实验依据。