健康的河流是指在相应时期其社会功能与自然功能能够均衡发挥的河流，其健康标志指在河流自然功能和社会功能基本均衡发挥情况下河流自然功能的表现状态，包括良好的河床、良好的水质、良好的河流生态系统、适量的地表径流和基本完整的河流水系。河流健康的指标应是能够基本反映河流自然功能的因子，包括河床、水质、河流生态和河流水系的径流条件等，但指标的种类和数量因河而异，健康标准的确定则要充分考虑河流自然功能和社会功能均衡发挥的需要和河流背景条件的变化。河流健康的标志、要素、指标和标准构成了河流健康指标体系，“标志”和“要素”是所有河流健康研究都必须考虑的共性内容，但“指标”和“标准”因河而异。人类过多抽取河川径流和开发水电、不当地调控洪水和泥沙、过多向河流排污和过多改变关键物种栖息地环境的活动，均会对河流健康造成严重伤害。