流行性乙型脑炎是一种由蚊虫传播的病毒性人兽共患病，乙型脑炎病毒是该病毒的病原E蛋白是乙型脑炎病毒的主要结构蛋白，它在病毒的吸附、融合、血凝、细胞趋向性、病毒毒力和诱导保护性免疫反应中起重要作用。而E蛋白结构域Ⅲ是诱导中和抗体的重要区域。为了分析鉴定乙型脑炎E蛋白结构域Ⅲ的抗原表位，首先克隆并用pGEX-6P-1载体融合表达了乙型脑炎病毒疫苗株sA14-14-2的该区域，通过免疫印迹分析表明，该区域融合蛋白能被JEV阳性血清所识别。为了对这一区域进行抗原表位作图，进一步设计了一套14个覆盖该区域的部分重叠短肽，并进行了GST融合表达，用JEV阳性血清对14个融合蛋白进行免疫印迹和ELISA免疫反应性分析，鉴定出4个线性抗原表位E39(305TEKFSFAKNPVDTGHG320)、FA5-1(355VTVNPFVATSSA 366)、E48-l(377PFGDSYIV384)、E49(385VGRGDKQINHHWHKAG400)。本试验结果对进一步分析乙脑病毒E蛋白结构与功能以及诊断试剂和表位疫苗的研究有重要意义。