利用Illumian HiSeq2000对来自非洲、亚洲、欧洲、中东、北美洲等狼主要分布区的样品进行了深度的全基因组测序,结合已经公布的数据,共产生了33个犬科动物的高质量全基因组数据,以分析：(1)世界范围内狼的遗传多样性；(2)不同地区狼的种群历史；(3)不同地区狼和本地狗的基因交流；(4)狗的起源地点.用全基因组数据构建的系统发育树中,新旧大陆的狼和狗出现了明显的分化.基于G-PhoCS建模的方法估算新旧大陆分化时间约为12,500年前(ya).新大陆狼中的墨西哥狼处于基部位置,表明其有特殊的遗传背景.这一结果符合以前的研究假设,即墨西哥狼是亚欧大陆狼迁徙到新大陆的最原始狼的遗存.同时G-PhoCS速算估算出墨西哥狼在所有狼中有最小的有效种群大小(600个个体).在旧大陆的进化支中,狗和狼分别聚为两个大支,分化时间约为11,700 ya.不同品系的狗聚为一支,而不同地区或国家的旧大陆狼聚为一支,狗和旧大陆狼遗传关系更近.这一结果也符合普遍被接受的观点,狗是由旧大陆的狼驯养后演变而来,同时狗应为狼的亚种而不是独立的种.在旧大陆狼的分支中,表现出了按地理分布区域的遗传分化.欧洲狼聚为一支,中东狼和亚洲狼分别聚为一支,同时中东狼和欧洲狼的关系更近.而这三大支在短短1,600 ya就彼此分化形成了目前的遗传结构.在主成分分析中,也得到了和系统发育树比较一致的结果.