在糖的结构分析方面,以下三个方面的问题是重要的：(1)高度分支的糖的结构的分析；(2)糖的连接和异头碳的构型(α或β)的分析；(3)区分单糖异构体。上述目标使分析工作面临巨大的挑战,一直是糖的研究中的难点。糖的分离纯化又非常困难,,因此需要有灵敏、有效的方法分析糖类化合物。我们综合利用MALDI MS、ESI MS、DART MS以及离子淌度(IM)MS结合PMP衍生化、氨基酸辅助分析等对寡糖的异构体识别进行了研究。利用激光加强的源内裂解方法以及DART MS方法可以获得单一寡糖的序列、连接、构型、分支点等信息,并对影响因素进行了系统的研究,阐释了发生的现象的机理；用苯丙氨酸作为辅助剂对异麦芽聚糖的混合样品dextran进行了分析,不仅会抑制低聚糖与其他阴离子的结合而且还提高了糖类化合物的离子化效率,从而大大简化了糖类混合物中各聚合度的低聚糖的分子量的确定；用PMP衍生化结合ESI MS2或者IM MS的方法可以对单糖和二糖的混合物进行快速准确的分析,并通过从理论上计算碰撞截面来验证方法的有效性,此方法成功应用于人参寡糖的分析中。