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蜜蜂具有单双倍体性别决定机制：双倍体受精卵发育成雌性蜂王和工蜂,单倍体未受精卵发育成雄蜂。三型蜂幼虫期的食物差异也参与其发育调控,蜂王幼虫获得的食物营养水平显著高于工蜂与雄蜂幼虫。本研究采集了2日龄与4日龄三型蜂幼虫,通过RNA-Seq技术测定并比较分析了其基因表达差异,深入探索单双倍体遗传背景差异与外界环境差异如何调控三型蜂的发育。结果 表明,三型蜂幼虫所测得的基因表达总数没有差异,但在表达量上存在明显差异。雄蜂幼虫是三型蜂差异表达基因两两比较中差异基因个数最多的一组,表明蜜蜂单双倍体差异或者性别决定机制显著影响三型蜂的基因表达水平。然而,基因共表达分析(WGCNA)结果表明2日龄雄蜂与工蜂幼虫的所有基因表达趋势比蜂王幼虫更为接近。这表明在2日龄幼虫期,环境因素如幼虫食物对三型蜂幼虫基因表达调控的效应要强于单双倍体遗传背景差异或者性等位基因的调控。在同种蜜蜂幼虫比较中,2日龄与4日龄雄蜂幼虫之间的差异表达基因数量显著少于蜂王与工蜂组(598 vs 1190与1 181)。这表明雄蜂幼虫在发育过程中,单倍体遗传背景对其发育的调控模式可能与双倍体雌性蜂不同。本研究揭示了蜜蜂单双倍体遗传背景差异与食物差异共同调控三型蜂的发育过程,其中2日龄幼虫期的营养等外界环境差异调控效应较高,4日龄时则遗传背景差异影响发育的效应占主导地位。