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密云、怀柔水库作为北京市第九水厂的源水，从１９８４～１９９３年（１９９０年以后非连续监测）从库水采样进行了浮游藻类的分类鉴定及生物学评价。两库检了藻类７门６３属，有硅藻、绿藻、金藻、甲藻、隐藻、蓝藻和裸藻。密云水库藻量年平均２５８８个／ｍｌ，怀柔水库藻量年平均２０９３个／ｍｌ；９３．６℅的藻类属寡～β－中污水生物，库水污染指数ＰＩ＝１．５，属寡～β－中污水水体，说明库水水质清洁，适于作饮用水水源。但库水带有臭味，臭阈值（ＴＯＮ）年平均１０，与藻类繁殖有关，水厂净化工艺需采取相应除臭措施以保证出水水质。