目的：对比分析了医院感染管理办公室与临床科室医院感染管理小组两级组织监测医院消毒灭菌效果与环境卫生学监测结果存在差异性的原因。 方法：回顾性统计了近二年我院医院感染管理办公室抽样监测各重点科室的诊疗用品灭菌效果、使用中消毒灭菌剂污染情况、物体表面消毒效果;环境空气消毒效果;医护人员手卫生及其它项目的监测结果与相对应科室医院感染管理小组同期自我监测的结果。采用SPSS13.0统计软件对计数资料进行χ2检验。 结果：两级组织监测不同项目的结果比较，总体监测结果具有显著性差异，其中除无菌物品和使用中消毒剂的监测结果无差异外，物体表面和医护人员手卫生监测结果具有显著性差异，环境空气和其他项目的监测结果有差异。分析差异的原因主要是管理观念的差异、考核制度的结果、监测人员素质的原因等。 结论：制定宽松、和谐、人性化的考核制度给临床科室留有改进的机会；加强监测人员的培训与考核；加强监测人员的统一管理。