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对家蚕微粒子虫镇江株(Nosema bombycis Zhenjiang)、柞蚕微孢子虫(Nosema antheraeae)、棉铃虫微孢子虫(Nosema heliothidis)、从菜粉蝶(Pieris rapae)分离的微孢子虫、从蓝叶虫(Phyllobrotica armta)分离的微孢子虫、从桑尺蠖(Hemerophila atrilineata)分离的微孢子虫以及从家蚕分离的微孢子虫的SSU rRNA基因进行PCR扩增、克隆和测序,得到该7种微孢子虫的SSUrRNA基因的全序列。采用Phylip软件的邻位相连法(Neighbour-Joining)和MEGA4.0软件的UPGMA法,以微孢子虫的SSUrRNA基因序列构建系统发育树,通过对新微孢子虫的聚类分析,以及基因长度、G+C含量、相似性和分化度等方面的分析,确定了4种新分离的微孢子虫的分类地位。研究结果表明,从菜粉蝶分离的微孢子虫、从蓝叶虫分离的微孢子虫和从桑尺蠖分离的微孢子虫与微粒子属(Nosema)微孢子虫较近,因此,将这3种微孢子虫归为Nosema属,暂分别定名为Nosema sp. PR、Nosema sp. PA、Nosema sp. HA;从家蚕中分离的微孢子虫与内网虫属(Endoreticulatus)微孢子虫关系相近,将其归为Endoreticulatus属,暂定名为Endoreticulatus sp. Zhenjiang。研究结果同时显示,用微孢子虫的SSU rRNA基因分析微孢子虫的进化关系及其分类地位是可行的。