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本研究利用SCoT标记和ISSR标记对39份枸橼类资源进行遗传多样性及亲缘关系分析，从80条SCoT引物中筛选出9条重复性好，条带清晰的引物进行PCR扩增，共扩增出69条带，多态性比率为76.8％；从100条ISSR引物中筛选出9条重复性好，条带清晰的引物进行PCR扩增，共扩增出84条带，多态性比率为77.4％.UPGMA聚类结果显示：SCoT标记在相似系数0.85水平，将39份枸橼类种质资源分为6组：ISSR标记在相似系数0.77水平，将39份枸橼类种质资源分为5组.对两种分子标记的应用进行讨论.