寡核苷酸探针开发和利用大大简化和普及了荧光原位杂交技术(FISH),促进了植物染色体工程发展。Cuadrado et al.(2009、2010)报道的非变性FISH (ND-FISH)技术和简单重复序列探针作为染色体鉴定新方法引起了大量关注。南京农业大学自2010年开始相关研究(庄丽芳等2011),2013年将pSc119.2和pAs1开发成8个寡核苷酸探针,分别命名为pSc119.2-1～2和pAs1-1～6 (王艳芝2013;Wang et al.2013)。发现29～59nt探针产生更稳定信号、(GAA)10等在极低浓度下可以侵染非变性染色体(Du et al.2017),开发出一批重复序列寡核苷酸探针,组配成功8个寡核苷酸探针套(Oligonucleotide probe multiplex,ONPM#1～8),用于清晰识别小麦、黑麦、小黑麦、大麦、簇毛麦、节节麦、一粒小麦、拟斯卑尔脱山羊草、百萨偃麦草、长穗偃麦草、中间偃麦草和鹅观草等染色体(Du et al.2017;王丹蕊等2017;Zhu et al.2017;Huang et al.2018;Zhang et al.2019)。其中,ONPM#4可以同时区分小麦与簇毛麦全部染色体,ONPM#5可以区分小麦与黑麦全部染色体,ONPM#7可以区分小麦与百萨偃麦草全部染色体,并已鉴定小麦、大麦、黑麦、小黑麦和簇毛麦等各类种质上千份,为国内外同行鉴定材料上百份。发现我国栽培小麦存在高频率染色体变异,其中部分变异可能涉及选择优势;发现pSc119.2和pSc200染色质变异丰富,导致黑麦品种间和个体间染色体高度异质性和杂合性;发现人工合成小麦存在丰富染色体变异,为进一步研究和应用提供了参考。