黄连是毛莨科的草本植物,其根茎可作为中药药材。据《中国药典》记载,常见的黄连药材有"味连、雅连、云连",是我国常见中药材。中药药剂3.2万多方剂中,其中有1 760种方剂中是包含有黄连的,占整个药剂的5%。目前,由于栽培技术的成熟及产量高,适应性广,市场上主要的黄连药材为味连。味连主要的种植地为重庆、湖北、四川、陕西等省市。而重庆石柱则是味连的主要生产地,产量占全国的60%,随着我国对中药材生产力度的投入,石柱地区黄连种植的面积将不断扩大,土地的重复耕作容易导致黄连病害的日益发生,其中黄连根腐病的发生尤为严重,对黄连的生产也是一个严重的危害,可以造成黄连的绝产。黄连的根腐病主要为害黄连的根和根茎,可由多种细菌、真菌和病毒引起,病原通过植株根部的创口入侵引发病害发生,对于幼苗的侵染尤为严重。黄连喜阴,而根腐病在多雨、光照不足、湿度和气温较较高的条件下发病率较高,所以在黄连的种植过程中对根腐病的十分重要。通过对根系真菌的物种丰度的研究,了解根系真菌物种之间的差异,再结合未感病样品的土壤、感病样品的土壤当中的真菌成分,比较处理之间,对田间根系真菌种类影响黄连根腐病的发生做一个初步预测。本次实验通过田间采取发病黄连及健康黄连,以及根际感病样品的土壤和健康样品的土壤,经过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台测序检测,结果显示,感病植株中真菌的OTU丰度值均大于健康植株中的丰度,说明某些真菌的积累是黄连根腐病发生的一个重要原因;感病黄连的土壤中的OTU丰度也均大于黄连健康植株的土壤真菌OTU丰度。根据分类水平PCA图,得出健康根系和感病根系之间真菌种群存在着显著性的差异,其中说服性可以达到33.3%;健康样品的土壤和感病样品的土壤之间真菌种群存在着显著性的差异,其中说服性可以达到23.4%。进一步对感病黄连与健康黄连之间,健康黄连根际土壤与感病黄连根际土壤的物种对比分析发现,感病样品的土壤及感病黄连中Paraboeremia、Tetracladium、柄孢壳属(Podospora)的含量均高于健康样品的土壤及感病黄连的含量;而在感病黄连根内与健康黄连根内的真菌种群对比中,健康植株中Llyonectriactri、Tetracladium的含量高于感病植株。这种真菌微生物的含量的差异是否是造成黄连根腐病发生的重要因素有待进一步的调查研究,且高通量测序技术对于研究植物内生真菌群落组成及多样性具有显著的优势。