本研究旨在开发美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)基因组微卫星标记,并利用其进行亲缘关系鉴定和遗传结构分析,开展微卫星标记通用性的初步研究,来评价这些引物对骨舌鱼科其他鱼类扩增的有效性.研究采用生物信息学方法基于全基因组测序结果对国际濒危物种美丽硬仆骨舌鱼全基因组范围内的微卫星数量及分布规律进行了分析,开发了50 对微卫星标记,利用所得标记,对养殖美丽硬仆骨舌鱼(金龙鱼)的亲本群体及四个子代群体进行了亲缘关系鉴定,确定子代群体亲本,建立系谱.同时对养殖群体的遗传多样性进行分析.结果 显示,1～6个重复类型的微卫星序列共354239 个,总长度为6139487 bp.微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基和五碱基重复单元中数量最多的分别为A、AC、AAT、ATCC、AAAAT.25 条染色体中,6 号染色体所含微卫星数目最多(28662 个),22 号染色体所含微卫星数目最少(6929 个),微卫星数量与其所在染色体DNA 序列长度呈线性相关(r=0.999).22 号染色体微卫星出现频率最高(576.35 个/Mb),3 号染色体微卫星出现的频率最低(469.65 个/Mb),微卫星频率与其所在染色体DNA 序列长度并不相关.利用筛选所得的10 个多态性较高的微卫星标记对亲本群体及四个子代群体进行亲缘关系分析,标记的累计非亲权排除率均在99％以上.根据结果可知B1、B2、C1、C2 群体的母本分为别为A-3、A-117、A-3、A-117.根据亲本群体个体之间遗传距离制定配组计划,有利于避免因近交而产生遗传多样性丧失、抗逆性减弱、生长减慢、个体小型化等种质退化的现象.本研究对养殖群体遗传结构分析发现以遗传距离在0.54～0.60 之间的W、X、P、T、S 群体作为繁育亲本较好.对青龙(green arowana)、双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)、非洲黑龙(Heterotis niloticus)、黑骨舌鱼(Osteoglossum ferreiai)、红龙(red arowana)、海象(Odobenus rosmarus)、澳洲珍珠龙鱼(Scleropages jardini)、澳洲星点龙(ScleropagesLeichardti)八种骨舌鱼的微卫星标记通用性分析结果显示,其有效扩增比率分别为78％、34％、16％、34％、82％、20％、68％、32％.研究表明,利用微卫星标记对美丽硬仆骨舌鱼进行亲缘关系鉴定、解析群体遗传结构、通用性分析切实可行,同时又可为提高金龙鱼繁殖效率,分析近源物种间的遗传关系奠定基础.