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生境片段化的种群遗传效应可以分为两个阶段，一是生境片断化过程，其二是生境片断化后的长期效应。研究人员主要讨论生境长期维持在片断化，这时种群长期处在小种群、相对隔离状态，影响种群遗传结构的主要因素有：生境片断化过程中的取样效应、小种群中遗传漂变和近交的作用、距离隔离效应，但同时由于生境片断化发迹了其他一些因素（如基因流），因此，生境片断化的遗传效应是复杂的。