[目的]本文旨在解决高通量测序分析技术的局限性——只有微生物分类及其相对丰度、不同分类水平微生物绝对含量缺失。[方法]通过内标菌株构建了土壤细菌单域和古菌-细菌-真菌三域微生物群落结构的高通量绝对定量方法,以及采用qPCR和高通量测序结果相结合的方法实现了土壤细菌单域高通量绝对定量。[结果]应用土壤细菌单域微生物高通量绝对定量技术,都发现了土壤及其母质(紫砂岩)、叠氮化钠抑菌剂处理土壤、菲污染土壤中细菌群落变化中相对丰度和绝对含量变化趋势相反的现象,该比例高达40%以上。也即表明,仅用相对丰度来比较跨样本间微生物的变化,可能会得到错误的结论,绝对含量则可以比相对丰度更好地揭示跨样本间微生物的变化。此外,土壤三域微生物高通量绝对定量技术在多环芳烃污染土壤中的应用亦发现,土壤中古菌、细菌和真菌绝对总量存在数量级的差异,其含量依次为10～7、10～9、10～8 copies g～(-1),由此证实了采用相对丰度作为微生物跨域、跨样本间比较指标的不足;土壤古菌属水平绝对含量主要在10～(3.5)-10～(6.5) copies g～(-1)间呈不连续分布,细菌、真菌属水平绝对含量主要介于10～4-10～(6.5)copies g～(-1)、10～(3.5)-10～6copies g～(-1),且细菌、真菌单域以及三域微生物整体均服从偏对数正态分布;网络分析结果表明,长期多环芳烃污染下土壤三域微生物间互利关系(6635 edges)多于竞争关系(1364 edges),以细菌-细菌域内、细菌-真菌跨域相互作用关系为主,并趋向以降解功能菌群聚集。[结论]土壤微生物高通量绝对定量技术获得的土壤微生物分类、相对丰度和绝对含量等信息,可更完全、准确地揭示土壤微生物生态及其群落变化。同时,土壤三域微生物群落高通量绝对定量分析技术,实现了土壤古菌、细菌和真菌单域以及跨域、跨样本间定量比较及网络关系精准计算,为发展微生物数量生态学提供研究新技术与理论基础。