水稻橙叶植原体基因组序列测定及分析

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水稻橙叶植原体(Candidatus Rice Orange Leaf Phytoplasma)由电光叶蝉和黑尾叶蝉传播侵染水稻韧皮部细胞,引起水稻橙叶病。该病害20世纪80年代末至90年代初曾在我国华南局部地区流行成灾,近年再度暴发并呈扩大蔓延趋势。为了深入研究病菌致病机理,本研究以感病水稻叶鞘组织总DNA构建文库,通过Illumina HiSeq 2000平台对文库进行测序,获得21 751 038个Raw Reads;采用基因拼接软件CLC Genomic workbench(CLC-bio,Demmark)对获得的序列进行denovo拼接获得总长为285 321 174bp的74 342条Contigs;利用本地化BLAST比对已报道植原体参考基因组,筛选出总长563 399bp与植原体匹配的60个contings;采用PCR扩增获得各Contig之间的gap序列,最终获得近全长水稻橙叶植原体基因组序列。所得序列总长606 884bp,GC含量为28.2%,编码661个蛋白,包含35个tRNA和2个rRNA操纵子。同时获得一个长度为4 197bp的完整质粒序列。为下一步研究提供了基础信息。
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