基于SPSSM的蛋白质二级结构预测进展

来源 :中国化学会第29届学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:WEIFINDYOU
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
  蛋白质二级结构预测一直是生物信息学中一个比较活跃的研究领域,开发新的二级结构预测有效特征是该研究的有效策略.结构特异性得分矩阵(SPSSM)是近年来开发出来的一种新的二级结构预测特征,对蛋白质二级结构的预测效果非常明显.2011年,我们首次用SPSSM对当时最新的2个EVA数据集的三态二级结构预测,达到了世界上最好的预测准确率,Q3分别达到82.7%和82.0%.SPSSM8利用8态的SPSSM信息,仅利用8个变量完成蛋白质8态二级结构的预测.2013年,在对一个低冗余度测试集的预测中,全面胜过文献中提到8态二级结构预测方法CNF和SSpro8,Q8的准确率分别高出4、10个百分点.对一些出现概率低的二态结构如G、B、L等,CNF和SSpro8几乎无法预测,SPSSM8的预测准确率都得到了大幅的提升,体现了算法的优势.在CASP9的预测中,SPSSM8也取得了非常好的结果,Q8达到了80.1%.近年来,旨在充分利用核磁共振化学位移(CS Chemical Shift)信息进行蛋白质二级结构的预测逐步成为化学信息学研究的热点.在近期的一项研究中,我们利用低冗余度的基础比对库(230万条蛋白),并结合CS信息进行蛋白质二级结构的预测,共15个变量,使得预测的速度提高了近10倍,同时二级结构预测的准确度也达到了很高的水准.在预测低冗余度的独立测试集(与建模样本冗余度为25%)时,Q8达到80.8%,Q3达到90.1%,对CASP10的预测,Q8达到73.7%,Q3达到85.3%.
其他文献
  石墨烯(Graphene)以其优异的物理和化学性质一直是近几年来的研究热点,巨大的比表面积和独特的化学结构使其成为很有潜力的吸附材料。本文运用计算机模拟方法对石墨烯吸
会议
  如何捕捉响应性高分子相变过程的微观信息一直是凝聚态物理中的热点课题,最广泛的研究方法是动态光散射以确定高分子链所谓的线团-小球转变(coil-to-globule transition)
会议
《党建研究》创刊十周年,举行这样一个非常朴实无华的座谈会,我有感而发,讲几句话。首先,衷心祝贺《党建研究》10年来所取得的丰硕成果。刚才,中央宣传部、新闻出版署的同志作为新闻
  光敏剂可以把光能转递给氧气,产生高活性单线态氧,以此杀灭病变的组织和微生物。这就是光动力疗法的基本原理。卟啉类分子是一类常用的光敏剂,但它在水溶液中容易聚集,导致荧
  环境污染日益严重,如何快速准确地对污染物进行检测成为目前科研工作者面临的重大难题。高灵敏性、便携性、柔性及多功能性的传感器是人们追求的重要目标。我们发展了两种
在众多的多功能光致变色体系中,二噻吩乙烯类光致变色化合物是研究的热点之一。该类化合物在全光子型可擦写光信息存储、光驱动分子器件、分子逻辑电路、生物荧光分子开关等方
  基于有机小分子的二维组装体具有许多独特而优异的性质,因而受到了人们的广泛关注。但是,如何通过理性的分子设计来可控可预测地制备二维组装体,仍然是一个亟待解决的问题。
会议
  微纳结构在微电子技术、传感器件、光学器件等领域的应用研究越来越广泛,从而受到研究者极大的关注。常见的制备方法有光刻法、聚焦离子束刻蚀法等,但这些方法都面临着设
会议
本模块选自《英语》(新标准)(一年级起点)五年级(上册)Module7,话题是“Animals’Ability”。对于五年级的学生来说,“Animal”这个话题并不陌生,学生们最早在Book 2 Module
  作为高分子领域的一项新兴技术,层层自组装技术(LbL)在不断的改进和更新着,越来越多的人致力于将其功能化、实用化。[1]利用静电或氢键作用形成的LbL纳米薄膜可吸附药物分
会议