食管鳞状细胞癌是我国的特色肿瘤，难以早期发现，且预后差，五年生存率低，严重危害我国患者的生命健康。基因组畸变的逐渐积累是食管癌发生和发展的重要因素。虽然目前已有多个研究组报道了中国及日本人群的食管癌全外显子组突变结果，但每个研究的样本量仍相对较小，且无系统的多组学整合分析。在这项研究中，我们首次对食管癌进行了大规模的全基因组及转录组测序，对食管癌相关的基因突变、拷贝数变异、结构变异以及这些因素与基因表达之间的关联进行了多组学的整合分析。通过对基因编码区及非编码区的基因组突变进行分析，我们发现了包括长链非编码RNA 在内的多个全新的食管癌突变基因。通过将外显子突变数据与临床信息进行整合，我们发现了食管癌中存在一类与酒精摄入以及酒精代谢相关的重要突变特征。通过对食管癌相关的拷贝数变异进行分析，我们鉴定出了多个在食管癌中mRNA 水平改变与拷贝数改变一致，并影响食管癌细胞增殖、侵袭或转移的重要基因。通过对结构变异的分析，我们发现部分食管癌患者中存在染色体碎裂、基因融合等现象。最后，我们通过基因通路的富集分析，发现细胞周期以及PI3K-AKT 信号通路的异常在食管癌的发生发展中起到了重要作用。