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PPCR技术在环境监测特别是水环境监测中所发挥的作用日益提高。随着各个层面监测的开展，其技术亦愈加复杂。虽然PCR技术相对于传统的检测方法有很多优点但也存在着有待改进的不足：比如假阳性，当不相关的核酸分子中存在与模板非常相似的碱基序列时，PCR很可能扩出假阳性的结果，所以引物的设计与PCR条件的设定成为了科研人员应该研究的关键；由于PCR的高灵敏度与实验试剂的计量很小，所以对操作者的技术要求较高，因为微量靶序列的污染往往对结果造成很大的影响，故操作过程要十分小心。随着此技术的不断发展，PCR技术将作为一个必不可少的方法与其他监测技术结合起来，在水环境监测的生物层面获得广泛应用。