1995-1998年通过田间试验与调查相结合的方法对山东果区苹果、梨、桃、葡萄套袋果园的病虫害发生及防治进行了系统研究，结果表明，果实套袋对病虫害发生具有双重影响，一方面，纸袋通过物理隔绝和化学防除作用极大地减轻一般性果实病虫害如轮纹病、黑星病、炭疽病及食心虫等的发生，全年可减少喷药次数2～4次，套袋果实农药残留量极低，如红富士苹果（水胺硫膦为代表药物）套袋果果皮为0.015mg/kg，果肉为0.004mg/kg，不套袋果分别为0.08mg/kg和0.022mg/kg；另一方面，纸袋提供的微域环境加重具有喜温、趋湿、喜阴习性的害虫及某些病害的发生。容易发生的虫害主要有黄粉虫、康氏粉蚧、梨木虱及象甲类害虫等，虫口基数越高则发病率越高，单果康氏粉蚧为害部位可高达40个，象甲类害虫在覆麦草果园发较重，严重者高达100℅。容易发生的病害可分生理性、病菌性、病毒性、物理性4大类，生理性病害有缺钙症（如苹果苦痘病）和缺硼症（如疙瘩梨），发生率比不套袋果园高出1倍多；病菌性病害形成果面黑点（斑）甚至腐烂，致病菌主要有粉红聚端孢菌（Trichothecium roseum LK.et Fr.）、链格孢菌和锈菌；病毒性病害有苹果锈果病即“花脸病”，据调查，改接于小国光砧木上的红富士苹果发病率在5℅以上，严重株可达96℅，应避免套袋；物理性病害有日烧、蜡害、水锈、虎皮等，发生程度决定于果袋质量和天气状况。据研究，纸袋内温度高于外界20.3℅～50.7℅，若蒸腾作用散失水分降温不利，果实局部温度过高或涂蜡溶化形成日烧或蜡害，日烧严重者可达31.3℅，而高温高湿环境加重水锈和虎皮果的发生。套袋里园病虫害应针对容易发生的病虫害实行综合防治，突出农业措施和生物防治，利用天敌的制衡作用把虫口基数控制在一定范围内，化学防治应选择高效、低毒、低残留、低药害农药种类，最好选用微生物农药和生物化学农药如Bt乳剂、灭幼脲类、扑虱灵、多氧霉素等。改善套袋技术防止物理性病害的发生。对于缺钙症和缺硼症，分别在花后连喷两次400×氨基酸钙及250×多效素有明显防效。