生物礁研究的理论包括生物礁的概念、生物礁分类、生物礁岩石分类、生物礁的相带划分、生物礁的古生态学、生物礁研究的应用等几个方面。生物礁的概念发展至今经历了三个阶段，基本大多数学者已达到共识。“狭义”的生物礁是指钙化生物原地形成的碳酸盐岩隆起；“广义”的生物礁不仅包括钙化生物原地生长形成的，而且包括非钙化生物的作用形成的碳酸盐岩隆，可以含有很多造礁生物，也可以完全由灰泥组成。本文介绍了生物礁生态理论的发展，生物礁研究具重大应用意义。生物礁是古环境变化的重要而有效的指示者，运用生物礁群落特征、生物礁的分布、结构等可以反演古海水温度、板块构造、古气候变化等环境信息，且可以用来定量计算海平面的变化幅度。同时，生物礁储层研究具有重要的经济意义，生物礁是良好的油气储集体，是油气勘探的目标，也是石油地质研究、储层研究的重要目标之一。