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南极磷虾是南大洋关键物种，其独特的自然生境使其成为发掘特色海洋微生物新资源宝库。本研究通过农业部南极磷虾探捕及南极科考项目实施，采集了南极多海域磷虾样品，对其消化道定植共附生微生物进行系统分离及其次级代谢产物的纯化。共获得微生物菌株135 株，对所得菌株进行了基因鉴定，其种属包括35个属，对其进行系统发育分析，结果表明南极磷虾内含有种类丰富的共附生微生物物种。以分离得到的南极磷虾共生菌NJES13-1 为研究对象，利用有机溶剂萃取、硅胶和Sephadex LH-20 凝胶柱层析、半制备HPLC 等手段对化合物进行分离纯化，结合LC-MS、1H-NMR、13C-NMR 等波谱数据进行结构解析，从NJES13-1 甲醇提取物中纯化得到3个化合物。本研究可为后续进行南极磷虾共附生微生物来源海洋活性天然产物的发掘奠定基础，从而为南极磷虾的综合利用开辟一条新途径。